慶長5(1600)年、既に家督を継いでいた如水の嫡男・長政が、上杉討伐のために城を留守にしていた時に事件は起こりました。石田三成が挙兵したとの知らせが届いたのです。
　その知らせに、如水の心は湧きました。この戦国の世に、自らの才覚がどこまで通用するのかを試す最後の機会だったからです。

　これを機に九州地方を制圧し、西軍が勝てば西軍に与し、嫡男の長政が属している東軍が勝てば、「家康のために九州を制圧していた」と述べて、東西両軍のどちらが勝っても良いよう行動していたとされています。さらに、あわよくば東西どちらかの軍が勝っても、かなり疲弊していることが予想されることから、九州を従えたのち中国地方に攻め入り、関ヶ原の戦いに勝ったものの弱っている軍を討って天下を狙うという公算もあったのではないかと言われています。

　如水は城の金蔵を開いて領内の百姓などに支度金を与え、9,000人ほどの即席軍を作り上げました。この軍勢には九州、中国、四国からも噂を聞き及んで人々が集まったとされています。
　折しも、九州の大名であった大友宗麟(おおとも そうりん)の嫡男にして、朝鮮出兵のときの不手際で豊臣秀吉に改易処分を受けていた大友義統(おおとも よしむね)が、西軍に与した毛利輝元の支援を受け、お家再興を目指して豊後国に攻め込んでいました。義統は、東軍の細川忠興(ほそかわ ただおき)の領地である杵築(きつき)城を包囲攻撃しました。杵築城を守っていた細川家臣の松井康之(まつい やすゆき)から援軍の要請を受けた如水は、直ちに編成した軍を率いて杵築城救援に向かいました。

　大友軍に属していた吉弘統幸(よしひろ むねゆき)は武勇に優れた武将であったため、如水の軍は苦戦を強いられましたが、最終的には見事に大友軍を撃破しました。

　如水が大友軍に勝利したころ、「東軍勝利」の報告が入ってきました。如水は家康に、「切り取った領地を自分のものにさせてほしい」と申し入れ、西軍に属していた九州の武将の領地へ次々に攻撃を仕掛けていきました。

　さらに如水は、臼杵城や日隈城、小倉城などを次々に攻め落とし、関ヶ原の戦場から退却してきた島津義弘(しまづ よしひろ)の軍船を焼き沈め、小早川秀包(こばやかわ ひでかね)の久留米城を攻めました。

　一方、関ヶ原の西軍敗北の報を受けて、大津城攻めを行っていた立花宗茂は、居城である柳川城へ退却していました。宗茂は、秀吉から「剛勇鎮西一」と称された名将で、朝鮮出兵の際には絶体絶命の危機に陥っていた加藤清正を、寡兵にて救出したという傑出した武力の持ち主でした。

　宗茂は関ヶ原の戦いからの撤退途中、島津義弘と同行することになりました。義弘は秀吉による九州征伐の際、宗茂の実父である高橋紹運(たかはし じょううん)を討った父の敵でした。立花の家臣は、「この機に島津を討ち取るべし」と進言しましたが、宗茂は「敗軍を討つは武家の誉れにあらず」と言ってその進言を退け、むしろ島津軍の護衛を申し出でて義弘と友誼を結ぶなど、並み居る武将から一目置かれる存在でした。

　そんな立花宗茂でしたが、西軍の敗北により孤立無援となり、肥前の鍋島直茂(なべしま なおしげ)や加藤清正、そして黒田如水の大軍に包囲されてしまいました。しかし朝鮮出兵で軍を共にした如水や、宗茂に命を救われていた加藤清正らによる必死の説得により、最終的に宗茂は如水の軍に降ることになりました。島津義弘は領国へ帰ると、宗茂から受けた恩義に報いるために柳川への援軍を送りましたが、援軍が柳川へ到着したのは開城から3日過ぎた後でした。

　鍋島直茂、加藤清正、立花宗茂を加えた如水の軍は、九州最後の敵対勢力である島津討伐へ向かいました。
　しかし、肥後まで軍を進めたところで、突如として家康から停戦の命令が届きました。島津が家康と和議を結んだため、島津討伐の大義名分を失ったことが原因でした。如水の野望は、この停戦命令をもって終わりを迎えました。

　関ヶ原の戦いは、わずか８時間という短時間で決着しました。これは如水にとっても大きな誤算であったと思われます。本来であれば、拮抗した東西両軍が関ヶ原を挟んで戦況が膠着し、その隙に空白地帯となった九州を制圧し、吸収した兵力を率いて東へ攻め上がる算段であったと予想されますが、関ヶ原の本戦が予想外に早期に決着してしまったために、如水の野望は志半ばにして終焉を迎える結果となりました。

　結果的には、東軍のために九州を制圧していたと形になり、関ヶ原の戦いで功績のあった嫡男の黒田長政に加え、藤堂高虎や井伊直政の勧めで如水にも恩賞を与えてほしいとの声があがりましたが、如水はこれを辞退し、隠居生活を送るようになりました。

　その後、晩年の如水は中央の政治に関与することなく、隠居先の屋敷に身分の低い者の子どもたちを迎え入れて存分に遊ばせ、子どもたちがやんちゃして家の障子を破っても叱らず、目を細めて可愛がる好々爺として過ごしました。